رغم الطابع الإيجابي للاتفاق، برزت خلافات حول الترتيبات الأمنية، خاصة في محوري فيلادلفيا ونتساريم. وافقت حماس على وجود محدود للجيش الإسرائيلي في هذه المحاور، لكن التفاصيل الدقيقة لتلك الترتيبات لم تحسم بعد
اليوم توجد للقسام 5 ألوية في القطاع، هي: لواء الجنوب، ولواء الشمال، ولواء الوسطى، ولواء خان يونس، ولواء غزة يضم لواءين مدمجين. كل لواء يحتوي على ما يقارب 8 آلاف مقاتل..