التهاب المفاصل الروماتويدي هو حالة من أمراض المناعة الذاتية التي يمكن أن تسبب الألم والتورم وتيبس المفاصل، وعلى الرغم من عدم وجود علاج
الثعلبة البقعية هي اضطراب في المناعة الذاتية يمكن أن يؤدي إلى تساقط الشعر بشكل غير متوقع، ويعتقد العلماء أن السبب وراثي
يسبب مرض الاضطرابات الهضمية (السيلياك) مشاكل في الجهاز الهضمي عند تناول الغلوتين، وهو البروتين الموجود في القمح والحبوب الأخرى، فيقوم الجهاز المناعي بمهاجمة الغلوتين في الأمعاء الدقيقة .