تقدم إسماعيل باستقالته من رئاسة الوزارة في 5 يونيو 2018 بعد انتهاء الانتخابات الرئاسية وتأدية الرئيس عبد الفتاح السيسي اليمين الدستورية لفترته الرئاسية الثانية في 2 يونيو 2018.
نعى الرئيس عبد الفتاح السيسي رئيس الوزراء السابق شريف إسماعيل قائلًا.. أنعى بخالص الحزن والأسى رجلًا فاضلًا من خير رجال مصر، رجلًا تجسد فيه ضمير هذه الأمة، رئيس الوزراء