يكون للصندوق مدير تنفيذي، يصدر بتعيينه وإعفائه من منصبه وتحديد معاملته المالية قرار من رئيس مجلس الوزراء بناءً على عرض وزير الأوقاف ويكون تعيينه لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد